1、Acidobacteria-6 酸杆菌门Acidimicrobiia 酸微菌纲Verrucomicrobiae 疣微菌纲Opitutae 丰佑菌纲Nitrospira 消化螺菌属Thermomicrobia 热微菌门Bacteroidia 拟杆菌纲Bacilli 杆菌Chloroflexi 绿弯菌门Anaerolineae 厌氧绳菌纲Clostridia 梭状芽胞杆菌Elusimicrobia 迷踪菌门Ktedonobacteria 纤线杆菌纲Thermoplasmata 热原体纲Chlamydiia 衣原体Thaumarchaeota 奇古菌门Mollicutes 柔膜菌纲Methanomi
2、crobia 甲烷微菌纲Holophagae 全噬菌纲Spirochaetes 螺旋体属目（Order）Xanthomonadales 黄单孢菌目Sphingomonadales 鞘脂单胞菌目Burkholderiales 伯克霍尔德氏菌目Actinomycetales 放线菌目Cytophagales 噬纤维菌目Myxococcales 粘球菌目Acidimicrobiales 酸微菌目Rhizobiales 根瘤菌目Sphingobacteriales 鞘脂杆菌目Flavobacteriales 黄杆菌目Caulobacterales 柄杆菌目Rhodospirillales 红螺菌目Al
3、teromonadales 交替单胞菌目Enterobacteriales 肠杆菌目Verrucomicrobiales 疣微菌目Opitutales 丰佑菌目Gemmatimonadales 芽单胞菌目Nitrospirales 硝化螺旋菌目Pseudomonadales 假单胞菌目Planctomycetales 浮霉菌目Bacteroidales 拟杆菌目Syntrophobacterales 互营杆菌目Bacillales 芽孢杆菌目Thiotrichales 硫发菌目Rhodobacterales 红细菌目，红杆菌目Methylophilales 噬甲基菌目Nitrosomonada
4、les 亚硝化单胞菌目Streptophyta 木霉菌目Clostridiales 梭菌目Legionellales 军团菌目Bdellovibrionales 蛭弧菌目Rubrobacterales 红色杆菌目Caldilineales 暖绳菌目Herpetosiphonales 爬管菌目Chloroflexales 绿弯菌目Rickettsiales 立克次氏体目Acidobacteriales 酸杆菌目Micrococcales 微球菌目Rhodocyclales 红环菌目Stramenopiles 不等鞭毛类Chlamydiales 衣原体目Ktedonobacterales 纤线杆菌
5、目Neisseriales 奈瑟菌目Oceanospirillales 海洋螺菌目Anaeroplasmatales 厌氧原体目Natranaerobiales 盐碱厌氧菌目 Halanaerobiales 盐碱厌氧菌目Procabacteriales 普罗卡杆菌目Sphaerobacterales 球杆菌目Methylococcales 甲基球菌目Chlorophyta 绿藻门Holophagales 全噬菌目Methanosarcinales 八叠球菌目，球菌目Bifidobacteriales 双歧杆菌目Methanomicrobiales 甲烷微菌目Aeromonadales 气单胞菌
6、目Spirochaetales 螺旋体目Desulfuromonadales 除硫单胞菌目科（family）Sphingomonadaceae 鞘脂单胞菌科Xanthomonadaceae 黄单胞菌科Cytophagaceae 噬纤维菌科Oxalobacteraceae 草酸杆菌科Nocardioidaceae 类诺卡氏菌科Comamonadaceae 丛毛单胞菌科Caulobacteraceae 柄杆菌科 Sphingobacteriaceae 鞘脂杆菌科Flavobacteriaceae 黄杆菌科Sinobacteraceae 华杆菌科Rhodospirillaceae 红螺旋菌科Hyph
7、omicrobiaceae 生丝微菌科Polyangiaceae 多囊粘菌科Erythrobacteraceae 赤杆菌科Enterobacteriaceae 肠杆菌科Verrucomicrobiaceae 疣微菌科Geodermatophilaceae 地嗜皮菌科Opitutaceae 丰佑菌科Streptomycetaceae 链霉菌科Alteromonadaceae 交替单胞菌科Micrococcaceae 微球菌科Actinosynnemataceae 束丝防线菌科Micromonosporaceae 微单胞菌科Pseudomonadaceae 假单胞菌科Planctomycetace
8、ae 浮霉菌科Nannocystaceae 侏囊菌科Syntrophobacteraceae 互营杆菌科Sporichthyaceae 鱼孢菌科Streptosporangiaceae 链孢囊菌科Bradyrhizobiaceae 慢生根瘤菌科Piscirickettsiaceae 鱼立克次体科Rhizobiaceae 根瘤菌科Microbacteriaceae 微杆菌科Pseudonocardiaceae 假诺卡氏科Bacillaceae 芽孢杆菌科Intrasporangiaceae 间孢囊菌科Nitrospiraceae 硝化螺旋菌科Methylophilaceae 噬甲基菌科Phyll
9、obacteriaceae 叶杆菌科，叶瘤菌科Alcaligenaceae 产碱菌科，产碱杆菌科Nitrosomonadaceae 亚硝化单胞菌科Rhodobacteraceae 红杆菌科Thermomonosporaceae 高温单胞菌科Glycomycetaceae 糖霉菌科Acetobacteraceae 醋杆菌科Mycobacteriaceae 分支杆菌科Hyphomonadaceae 生丝单胞菌科Rubrobacteraceae 红色杆菌科Cystobacteraceae 孢囊杆菌科Caldilineaceae 暖绳菌科Rhodobiaceae 红菌科，红游动菌科Burkholder
10、iaceae 伯克氏菌科Coxiellaceae 柯克斯体科Bdellovibrionaceae 蛭弧菌科Acidobacteriaceae 酸杆菌科Clostridiaceae 梭菌科Paenibacillaceae 类芽孢杆菌科Bacteriovoracaceae 噬菌弧菌科Myxococcaceae 粘液球菌科Cellulomonadaceae 纤维素单胞菌科Beijerinckiaceae 拜叶林克氏菌科Frankiaceae 弗兰克氏菌科Rhodocyclaceae 红环菌科Planococcaceae 动球菌科Methylocystaceae 甲基孢囊菌科Nocardiaceae
11、诺卡式菌科Chloroflexaceae 绿屈挠菌科Thermoactinomycetaceae 高温放线菌科Staphylococcaceae 葡萄球菌科Alicyclobacillaceae 环脂酸芽孢杆菌科Nocardiopsaceae 拟诺卡式菌科Legionellaceae 军团菌科Ktedonobacteraceae 纤线杆菌科Gemmatimonadaceae 芽单胞菌科Moraxellaceae 莫拉氏菌科Corynebacteriaceae 棒状杆菌科Parachlamydiaceae 副衣原体科Cystobacterineae 孢囊杆菌亚目Aurantimonadaceae
12、 橙单胞菌科Bogoriellaceae 博格利亚湖菌科Methylobacteriaceae 甲基杆菌科Rickettsiaceae 立克次氏体Brucellaceae 布鲁氏菌科Lachnospiraceae 毛螺菌科Neisseriaceae 奈瑟氏菌科Halomonadaceae 盐单胞菌科Anaeroplasmataceae 厌氧原体科Peptococcaceae 消化球菌科，冻球菌科Halanaerobiaceae 盐厌氧菌科Peptostreptococcaceae 消化链球菌科Dermabacteraceae 皮杆菌科Procabacteriaceae 普洛卡杆菌科Kineos
13、poriaceae 动孢囊菌科Methylococcaceae 甲基球菌科Syntrophomonadaceae 单胞菌科，互营单胞菌科Oscillochloridaceae 颤绿菌科Chlamydomonadaceae 【植物】衣藻科Holosporaceae 全胞菌科Gordoniaceae 戈登氏菌科Shewanellaceae 希万氏菌科Aeromonadaceae 气单胞菌科Geobacteraceae 地杆菌科Brevibacteriaceae 短杆菌科Porphyromonadaceae 紫单胞菌科Xanthobacteraceae 黄色杆菌科Spirochaetaceae 螺旋
14、体科Propionibacteriaceae 丙酸杆菌科属（Genus）Janthinobacterium 紫色杆菌属Flavobacterium 黄杆菌属Thermomonas 热单胞菌属Mycoplana 枝动杆菌属Sorangium 堆囊菌属Opitutus 丰佑菌属Sphingomonas 鞘脂单胞菌属Streptomyces 链霉菌属Lysobacter 溶杆菌属Cellvibrio 纤维弧菌属Pedobacter 地杆菌属Aeromicrobium 气微菌属Rhodoplanes 红游动菌属Pseudomonas 假单胞菌属Planctomyces 浮霉状菌属Phenylobact
15、erium 苯基杆菌属Pseudoxanthomonas 假黄色单胞菌属Sphingobium 鞘脂菌属Nannocystis 侏囊菌属Variovorax 贪噬菌属Luteimonas 单胞菌属Gemmata 出芽菌属Saccharothrix 糖丝菌属Prosthecobacter 突柄杆菌属Pirellula 小梨型菌属Acidovorax 食酸菌属Lentzea 伦茨氏菌属Streptosporangium 链孢子囊菌属Bacillus 芽孢杆菌属Caulobacter 茎菌属Nocardioides 类诺卡氏菌属Stenotrophomonas 寡养单胞菌Nitrosovibrio
16、弧菌属Actinoplanes 游动放线菌属Rubrivivax 红肠命菌属Glycomyces 糖霉菌属Agrobacterium 土壤杆菌属Mesorhizobium 中慢生根瘤菌属Agromyces 壤霉菌属Mycobacterium 分枝杆菌属Chondromyces 粒杆粘细菌属Novosphingobium 新鞘氨醇菌属Actinomadura 马杜拉放线菌属Nonomuraea 野野村菌属Catellatospora 链孢菌属Geodermatophilus 地嗜皮菌属Nitrospira 硝化螺菌属Pseudonocardia 假诺卡氏菌属Sporocytophaga 生孢噬胞
17、菌属Bdellovibrio 蛭弧菌属Asticcacaulis 不粘杆菌属Sinorhizobium 中华根瘤菌Hydrogenophaga 噬氢菌属Rubrobacter 红色杆菌属Dactylosporangium 指孢囊菌属Sphingobacterium 鞘氨醇杆菌属Brevundimonas 短波单胞菌属Jiangella 姜氏菌属Burkholderia 伯克霍尔德菌Achromobacter 无色杆菌属Hyphomicrobium 生丝微菌属Pedomicrobium 土微菌属Paenibacillus 类芽孢杆菌Phyllobacterium 叶杆菌属Cellulomonas
18、 纤维菌属Pilimelia 水生角质菌属Arthrobacter 节细菌属Saccharopolyspora 糖多孢菌属Myxococcus 粘球菌Amycolatopsis 拟无枝酸菌 Phaeospirillum 褐螺菌属Promicromonospora 原小单孢菌属Cellulosimicrobium 纤维菌属Sporichthya 游鱼孢菌属Chloronema 绿线菌属Nocardia 诺卡氏菌属Pimelobacter 脂肪杆菌属Paracoccus 副球菌属Bosea 氏菌属Staphylococcus 葡萄球菌属Planomicrobium 动性微菌属Rhodoferax
19、红育菌属Rhodobacter 红杆菌属Hymenobacter 薄层菌属Saccharomonospora 糖单胞菌属Cytophaga 噬细胞菌属Ralstonia 罗尔斯通菌属Rathayibacter 拉氏杆菌属Gemmatimonas 芽单胞菌属Alicyclobacillus 杆菌属Clostridium 梭菌属Corynebacterium 棒状杆菌属Cupriavidus 贪铜菌属Caldilinea 暖绳菌属Azorhizophilus 嗜氮根瘤菌属Rhodococcus 红球菌属Legionella 军团杆菌Brevibacillus 短芽孢杆菌属Polaromonas 单
20、胞菌属Acinetobacter 不动杆菌属Georgenia 乔治菌属Actinocorallia 珊瑚状防线菌属Cryptosporangium 隐孢菌属Comamonas 丛毛单胞菌属CandidatusProtochlamydiaAsteroleplasma 无甾醇原体属Sporosarcina 芽孢八叠球菌属Azospirillum 固氮螺菌属Magnetospirillum 磁螺菌属Roseomonas 玫瑰单胞菌属Prauserella 氏菌属Coprococcus 粪球菌属Prauseria 布劳氏菌属Thermoactinomyces 高温防线菌属Methylobacteri
21、um 甲基杆菌属Brachybacterium 短状杆菌属Azoarcus 固氮弧菌属Beijerinckia 拜叶林克氏菌属Virgibacillus 枝芽孢菌属Syntrophomonas 互营单胞菌属Geobacillus 土芽孢杆菌属Parachlamydia 副衣原体属Anaeromyxobacter 厌氧粘细菌属Oscillochloris 颤绿菌属Procabacter 普罗卡杆菌属Methanosarcina 甲烷八叠球菌属Microbacterium 微杆菌属Methylophaga 噬甲基菌属Methanoculleus 甲烷囊菌属Methylocaldum 甲基暖菌属Rickettsia 立克次氏体Alkaliphilus 嗜碱菌属Cryobacterium 冷杆菌属Shewanella 希瓦氏菌属Gordonia 戈登氏菌属Psychrobacter 嗜冷杆菌属Serratia 沙雷氏菌属Spirochaeta 螺旋体属Leptolyngbya 鞘丝藻属Caloramator 喜热菌属Dietzia 迪茨氏属Hyphomonas 生丝单胞菌属Yersinia 耶尔森氏鼠疫杆菌属Microlunatus 小月菌属Anaerolinea 厌氧绳菌属Brevibacterium 短杆菌属
