1、搞有机必须学会的合成检索方法搞有机必须学会的合成检索方法(总12页)搞有机必须学会的合成检索方法学化学的人，如果刚进实验室的话，往往是两眼黑，不知道如何下手，要下手往往是漫天刷浆，抓不住重点！那么如何能抓住重点，进行有目的的去读一些论文呢一、Google 搜索首先用google来看看你的研究方向，比如你研究某系列的天然物合成，那么你就用这个名字去search，然后先看看有没有中文的介绍，如果有的话，那么先看看它是不是review，最好的是找到中文的review，然后大体看以下，了解你要做的东西当前的进展，有什么人在做，结果如何啊。然后按图索骥，找到英文的文献，那么可能有很多英文的文献，如何去选
2、呢选择发表在影响因子高的期刊上的文章来读！这个很重要！，因为大牛的教授都是把自己的好结果发在高水平的论文上的。只要你找一篇比如是JOC上的文章，那么就要看好，里面是否引用了某些review，如果有的话，那么你就去找那个review，一般来说国外的高水平的review都是约稿的，请的是当前的牛教授来写的，有读的价值！依次你可以进行全面的了解相关的研究进展了。如何对待中文的杂志呢我的意见可能偏激，我认为完全没有任何读的价值！为什么呢第一，20%的杂志覆盖了80%的内容，第二，IF太低，低于1的就是垃圾了，没有引起任何人的重视，那么这个结果是没有价值的。第三，很多中文文献的重复性很差，数据被人为的修
3、改。那么对待英文呢同样，低水平的也是很多，对于IF低于1的不要去看，就是看了也不要太当真，原因同中文文献一样，对于化学来说也就是不超过20个有意义的杂志吧，美国化学社的全部，德国的wiley上有几个很好的，sciencedirect上的几个影响因子在2以上的，英国化学社的全部，也就是这些了外加thieme的一个。完整的检索分为两部分：寻找相关的文献出处；找到收录文献的数据库，或者使用相关软件，进行全文下载阅读。第步是重要的，第步是次要的。可以利用的三大检索工具：Beilstein的CrossFire；ISI的Web of Science；CA on CD。最常用的是Scifinder和Beil
4、stein，最强大的可能是scifinder。通常用Scifinder来查化合物的具体的合成路线的设计。用Beilstein查查化合物的理化性质和具体的图谱数据。但是有时候专利里面也有很多有用的文献不仅仅是那些大型知名数据库二、大型检索网站：1、SciFinder Scholar简单介绍：SciFinder Scholar是美国化学学会（ACS）旗下的化学文摘服务社CAS（Chemical Abstract Service）所出版的化学资料电子数据库学术版。其中的CAPLUS是CA的网络版，它是全世界最大、最全面的化学和科学信息数据库。作为化学和生命科学研究领域中不可或缺的参考和研究工具的“化
5、学文摘”的网络版，SciFinder 在线数据库每天更新数千条记录，更整合了Medline医学数据库、欧洲和美国等50家专利机构的全文专利资料、它可以透过网络直接查看“化学文摘”1907年以来的所有期刊文献和专利摘要；以及四千多万的化学物质记录和CAS注册号。可访问的蛋白质和核酸信息远多于任何可公开获得的资源。它涵盖的学科包括应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。到目前为止, SciFinder已收文献量占全世界化工化学总文献量的98。另外，它还有分子式、反应式和结构式（包括亚结构）检索、核酸和蛋白质序列检索等多种功能。
6、它超越了一般检索工具的范畴，而成为研发人员不可或缺的研发工具。SciFinder Scholar可检索数据库包括： CAPLUSSM（2150万条参考书目记录，每天更新3000条以上，始自1907年）CAS REGISTRYSM（2000万条物质记录，每天更新约4000条，每种化学物质有唯一对应的CAS注册号，始自1957年）CASREACT（570万条反应记录，每周更新约600-1300条，始自1974年）CHEMCATS（390万条商业化学物质记录，来自655家供应商的766种目录） CHMLIST（万种化合物的详细清单，来自13个国家和国际性组织） MEDLINE（National Li
7、brary of Medicine数据库，1200万参考书目记录，来自3900多种期刊，始自1958年）安装注意事项：、安装前退出所有程序，网页浏览器除外。、当安装过程中被问及是否有标有“Custom Site Files”的盘时，请选择“否”，如下图。其他选项请选择默认设置。、安装的最后一步，会被询问是否要进行连接测试（Perform connectivity test），请不要选择测试，直接点击“Finishi”即可。应用技巧：SciFinder的一个小技巧，可能一开始我们使用SciFinder自带的结构式绘制工具，并不习惯。如果本来已经有用Chemdraw画好的结构式，把它另存为mol格
8、式，然后在SciFinder的检索界面，点击File-Open，打开它，即可把它调入SciFinder进行检索。、在SCIFINDER上，很多反应直接检索反应式可能查不到，可以考虑将产品输入后，挑选匹配度较大的化合物，进行结构检索，会有意想不到的结果哦。另外，用PDF打印机将文章打印下来，再慢慢学习。里面的登陆号检索也是很有用的。可以查一般中间体的性质。一般来说sicfinder我们常用的是structure search，可以进行单个化合物的search，也可以进行化学方程式search，可以进行分子式的search，还有CAS number的search，和关键词search。astruc
9、ture search，主要问题是很多朋友把自己的最终想合成的结构画出来了，不管它有多么复杂。其实这个是错误的，你想你合成的东西几乎都是新的物质，scifinder那里能收录啊，只要没有人发表就没有收录。所以为了更准确的找到你想要的相关的合成文献，建议你自己先减肥，把不必要的一些结构给去掉，简化。例如下面的例子这个化合物是没有的，但大家发现了没有这个化合物完全可以去掉左边酰氨化那部分和下面的脂化部分，剩下这个结构，这个在scifinder中是有合成方法的，其他的化合物也以此类推。而对反应也是一样的，如果你想查反应，例如：cross-coupling 中的thiol react with alk
10、yl halides, 那么你就把你想要的最简单的thiol和alkyl halides以及相对应的结构化出来，当然结构中要包括你的物质的主要骨架。一般我们不建议进行分子式search，麻烦，大家要给你逐个去找。还有一点，建议你用chemdraw画图.b关键词的search，这个你要根据你想要的结果来提出最佳关键词，例如你想知道thiophene 的合成方法，那么最好的关键词就要包含thiophene这个关键词。这个要是大家给出来很多，相信用过scifinder的人还是知道如何给你查的。c其他的例如人名，单位的查询，文件号码的查询，杂志查询对其他人来说没有很大的价值。d查询结果的处理。查询结果
11、一般来说都可以reference的形式出现，这里就有个问题了，有时候可能出现几百个结果，而一般的scifinder只能允许你下载100个结果的纪录。就要筛选，可以进行年段的选择，例如：1990- （从1990年到现在）：1990-2000（从1990到2000），所以如果你的方向很热，建议你对你的结果进行年代选择，否则大家就给你保存了最近100个结果。另外就是scifinder中收录了1500个左右的杂志，很多是影响因子很查的，用英语以外的其他语言写的，专利等等。一般来说好的文章都是用英语写的，其他的语言很难有你需要的文章，其实作者也想用英语写，可能个方面原因没有写成，所以建议你写下要求语言，
12、中文，英文，日语等等。另外就是专利，专利可以说质量差异很大，尽管是什么美国专利局的啊，也有查的专利，所以要不要专利也是个主要的选择。而后就是reference的类型，有review，有journal，有book，有会议发表的，等等，一般也就是前两个review和journal能找到全文，所以建议大家就要review和journal，就足够了，那么有人说专利呢当然可以要，但我告诉你scifinder还有专门面对企业的，用户界面类似，但内容有差别的。所以根据你自己的情况来决定。最后就是能否得到全文的问题，scifinder的大部分能正确的找到文章的连接（只要网上有全文的），所以如果你想自己找文章的
13、话，还是建议你选择fulltext available，然后保存结果，就更好点。e、另外结构中不要加入像R，这样的基团，那样范围太大了，几乎给你找不到很有用的结果，所以建议你能把一些基团给的具体一点，如果你非要加也要注明，R属于那一类，例如：any metal, any halogen, any alkyl chain etc.SciFinder的版本现在使用的通常是SciFinder Scholor,是面对大学或研究机构的,与之对应还有SciFinder,是面对企业用户的,基本是各大制药巨头。二者数据库是一样的，后者仅多了一些分析功能，利于分析数据。国内上海有机所比较有钱，二者全部购买，前者
14、学生可以使用，后者是教授专用的。介绍网站：1、SciFinder Scholar(SFS)检索技巧： 2、SciFinder Scholar 使用简介（十分详细）： 3、清华大学图书馆SciFinder简介 4、官方的详细介绍的网址 5、可以在线观看（也可以下载，看看源文件）是关于其使用的有声教材： 点击SciFinder e-Seminars6、台湾长亨公司的scifinder介绍： 080/top/html/training/ 7、南开的培训课件： 8、国立中央大学教义： 2、Beilstein CrossFire Beilstein是世界上最大的关于有机化学事实的数据库，数据来源于175
15、种期刊，已收录9百多万个化合物和9百多万个反应。作为最基本的化学文献数据库，CrossFire Beilstein能帮助有机化学研究人员形成新思路、设计合成路径（包括起始原料和中间体）、确定生物活性和物理性质、了解外界环境对化合物的影响，等等。主要数据的索引分为3部分：化学物质部分收集了结构信息及相关的事实和参考文献，包括化学、物理和生物活性数据；反应部分提供化学物质制备的详细资料，帮助研究人员用反应式检索特定的反应路径；文献部分包括引用、文献标题和文摘，化学物质部分和反应部分的条目与文献部分有超链接。 CrossFire Beilstein数据库是世界上最大的有机化学门户还可以在桌面上直接访
16、问期刊上的文献原文。数据来源为17791959年BeilsteinHandbook、Beilstein有机化学大全从正编到第2检索方法四补编的全部内容和1960年以来的原始文献(各种国CrossFireGmelin/Beilstein数据库) 有3种基本检索方式:关键词检索(TextSearch)、数据检索(FactSearch)和结构检索(StructureSearch)。关键词检索方法相对简单。数据检索也称为快速检索(EasyDataSearch),对于没有结构的物质的查找十分有效。结构检索对化学工作者来说更加方便,也更直观,只须通过一个画图软件画出化合物(或反应)的部分或精确结构(可以添
17、加各种结构限制),就可以开始检索了。在此基础上,系统还提供了组合检索和二次检索两种高级检索方式,下面就以具体实例详细介绍数据库的各种检索方法。a 关键词检索(TextSearch)关键词检索是一种简便易行的文本数据检索, 适用于检索策略较为简单的查询。用户只需在文本输入框中输入要检索的关键词,可以输入一个也可以同时输入多个关键词,多个关键词之间可以进行“near”、“and”、“next”、“not”、“or”以及“proximity”等6种布尔组配。实例1:查找硫酸(SulfuricAcid)的物理和化学性质,具体方法如下:在文本框中输入SulfuricAcid或者Sulfuricandac
18、id,当多个关键词间的关系为“和”的时候,可以用空格来代替逻辑运算符“and”。截词选框(Trun-cate)为不选,当输入的词不确定时,可以使用截词符,用“”代替一个字符,用“*”代替任意多个字符,单击截词选框,还可以选择左截断或者右截断,系统默认为右截断。然后点击Search选框的下拉箭头,系统提供了物质(Substances)、反应(Re-actions)和引文(Citations)3种检索方式,用户根据检索要求选择适合的检索方式,本例中选择物质(Sub-stances),然后点击开始检索按钮(StartSearch),进入下一层界面:选择选项(SelectContext)界面。在此界面
19、系统也提供了物质(Substances)、反应(Reac-tions)和引文(Citations)3种方式,用户可以根据自己的要求选择一种或同时选择几种,点击“StartSearch”按钮,系统自动进行检索,跳到检索结果界面。b 数据检索(FactSearch)数据检索实际上相当于一个高级检索,它有2种方式:一是在表格编辑窗口直接填写表单,二是在高级检索(AdvancedSearch)界面编辑检索式。表格检索是一种方便灵活而又直观的检索方式,它可以将不同的数据类型用多种逻辑算符进行组配。同时,在检索字段设定时,又可以随时调用各检索字段代码以及有关该字段检索词的索引字典,确保了检索字段代码及检索
20、词输入的准确性;而高级检索界面要求用户直接输入检索式,检索式的输入必须准确,只有专业人员才能做到,所以在日常的检索中我们最常用到的是表格检索。实例2:寻找一种溶剂,要求它在760毫米汞柱下的沸点120,同时它不能含氯,而且需要知道它的浓度和黏度,具体方法如下:在检索字段代码(FieldName)输入框中输入“BoilingPoint(BP)”,由于CrossFireGmelin/Beilstein数据库检索字段都有其固定的代码,在填充表格时,对于不了解的数据域(Field),可以在左上角的文本框中输入关键词,在左侧的索引中查找数据域名(FieldName)。例如,在文本框中输入“boiling
21、”,点击按钮“Find”,左侧的按钮便会自动展开,将其中的BoilingPoint数据域用高亮的背景颜色显示出来,双击BoilingPoint数据域,在字段代码(FieldName)框中自动填上“BoilingPoint(BP)”,然后用同样的方法填上Pressure、Densityoftheliquid(DEN)、DynamicViscosity(DV)和ElementCount(ELC)。在填充数据内容(FieldContent)时,可以直接输入与该检索字段一致的物质性质的数据,也可以通过右侧List所在列的下拉按钮获得帮助。单击“”按钮,系统会提供一个对话框来提示如何填写数值,按照页面提
22、示填上相应的数值,然后点击OK按钮,系统自动将数值填充到数据内容(FieldCon-tent)表格中。在数据域名和数据内容的关系(Rela-tion)的设定框中,系统提供了“is”、“Startswith”、“endswith”、“:”、“”、“”、“=”以及“Exists”等几种关系,用户根据自己的要求设定相应的关系。在逻辑运算符(Opera-tor)设定框中,CrossFireGmelin/Beilstein提供了“and”、“or”、“not”、“proximity”、“near”以及“next”等6种算符,用户根据课题要求设定相应的算符。注意:“proximity”不但要求两个条件同时
23、存在,而且两者必须是相关的。然后点击“StartSearch”按钮开始检索。c 结构检索(StructureSearch)结构检索是CrossFireGmelin/Beilstein数据库特有的检索方式。它通过内嵌的绘制结构软件ISISDraw,绘制出物质结构或反应结构式,从而达到检索的目的。CrossFire结构编辑器功能强大,不但可以绘制物质结构或反应结构式,还可以对所绘制的结构进行立体及属性限定。实例3:查询由-萘己酮制备-萘甲酸的反应,具体办法如下:在结构编辑窗口(StructureEditor)内双击或单击绘制结构(DrawStructure)图标,激活内嵌的绘制结构软件ISISDr
24、aw,弹出分子结构编辑窗口,系统自动进入编辑模式,利用分子结构模版和系统提供的多项功能键,画出所需的反应式,点击左上角的返回Commander窗口按钮,系统自动返回到Comman-der窗口。然后,用户可以对所画的结构进行限定,如选择FreeSite中的杂原子(Heteroatom)或所有原子(allatom)设定为子结构,对立体结构(Stereo)限定为绝对匹配、不匹配、相关的或者外消旋,还可以对其化合价、同位素、附加环等进行限定,然后点击开始检索按钮。d 组配检索CrossFireGmelin/Beilstein数据库提供了丰富的组配检索功能,用户可以把结构图、文本或数据进行联合检索,实现
25、更灵活、更准确、更高效的检索目的。实例4:检索在JournalofMedicinalChemistry刊物上发表的关于Cromakalim化合物的文章,并将发表日期限制在1991年,就可以进行化学结构和数据的联合检索,具体方法如下:在结构编辑框中输入化学结构,然后点击列在左边列表框中的预定义检索项(PredefinedSearchForms)中的书目数据(Bibliographicdata)选项,预先定义好的对话框便会弹出来,在刊物名称框中输入刊物名称缩写“。注意:输入的缩写刊物名称的每个词之间必须用空格隔开。逻辑关系选项框中选择“Startswith”,然后点击OK按钮,系统将数据自动转入数
26、据输入框,点击开始检索按钮进行检索。e 二次检索CrossFireGmelin/Beilstein数据库还提供了二次检索功能,用户可以根据自己的检索要求对首次检索结果进行组合,进行二次检索,使检索结果更准确。实例5:检索合成水杨酸的化学反应,而且反应物不含有苯酚,可以通过如下方式检索:首先在结构编辑窗口画出水杨酸的结构图,在结构检索选项区选择产物,在检索(Search)选项框中选择反应,开始检索。得到检索结果Q1有627条,然后在结构编辑窗口画出苯酚生成水杨酸的反应,在检索(Search)选项框中选择反应,开始检索。得到检索结果Q2有38条,然后点击左上角的hitsets列表,双击Q1和Q2,
27、Q1和Q2自动添加到数据框中,在逻辑关系选项框中,选择非(not),点击开始检索按钮进行检索,检索结果为Q3有589条。f 检索结果的显示检索完成后,CrossFireGmelin/Beilstein数据库会自动切换到检索结果的界面,显示界面以左右两屏显示:左屏呈树形结构的是所检索物质的条目信息,并以编号Q1,Q2排序,点击编号,可逐级打开该条目下的详细记录,定位记录目标,则相对应的详细信息在右屏显示,右屏可以用网格(Grid)和列表(List)两种方式来显示检索结果,而且可以随意的相互切换。Grid显示方式可以在同一个界面上同时显示多条记录,而List显示方式则在一个界面上显示一条记录的详细
28、信息,包括所查物质的识别信息、反应信息、物理性质、化学性质、参考文献等众多方面的信息,记录中与检索条件相匹配的内容将用高亮的背景颜色显示出来。g 检索结果的输出CrossFireGmelin/Beilstein能够灵活的对检索结果进行各种处理,帮助用户以各种方式将检索内容自动生成图表和报告,以Word、Excel或html等多种格式进行存储。用户只需在所需条目的右上角的空白框中做标记,然后选择打印(Print)或复制到报告(CopytoReport),就可以对需要的内容进行打印或保存。综上所述,CrossFireGmelin/Beilstein是个非常强大的数据库,不仅数据涵盖面非常广,并配有
29、强大的搜索引擎以帮助用户以最简单、最直接、最迅捷的方式来找出所需要的数据,而且无论是建立查询还是显示查询结果的界面的设计都十分合理、简单易用,是化学化工研究者必不可少的网上工具。我们应在检索实践中不断总结经验,争取把系统所提供的功能发挥的更好。3、Web of science个人觉得Web of science使用比较方便，不像beilstein有那么多的检索方式，相对比较简单。我最常用的就是General Search，我觉得已经足够了。a 里面可以进行关键词或者title的检索；如果你想定个课题还没有具体的文献，那么可以利用关键词来进行搜索，比如要查手性识别方面的文献，可以在Topic一栏
30、输入chiral discrimination or chiral recognition，哦1641篇，这么多，怎么办啊再缩小范围，比如你想知道手性识别在电化学方面的文献，那就在topic里面输入chiral discrimination and electrochemistry 再点search，这下就剩了3篇了，。有人说只有3篇也太少了，是不是没有检索全ok，有这种可能，那怎么办不是已经检索到3篇了么，幸运的是，在Web of science里面可以查cited reference 和 times cited根据这两个可以看搜索到的这几篇文献里面都引用了哪些文献，同时这几篇文献又被哪些所
31、引用，这样就可以扩展开来，周而复始，基本上都可以查全了，。b 如果你对某个作者的研究比较感兴趣，可以将此老板的大名输入Author一栏，ok他这么多年的心血就被你一览无余了，呵呵。当然Author一栏不光可以查大老板的文章，也可以查自己的哦：）把自己的名字输进去，试试，呵呵（注意：姓在前，名字是缩写查的最全，比如何无忧，就可以输入hewy进行查询，呵呵）c 如果查已经确定的文献，而且已知文献的杂志名称就可以在source title里面输入杂志名称进行检索，如果不知道后面有列表哦：）可以一页一页的翻，就是比较麻烦，呵呵。d 如果已知文献发表的年份，可以直接写在publication year一
32、栏，这样可以减小检索范围，e 还有Group Author 和 Address这两个我很少用，因为有时候英文单词拼写不对，基本上什么也检索不到，f 以上的这些检索手段也可以联合起来用哦，比如你想查某个作者在某个杂志上某年发表的文章，ok，你就可以分别在作者、source title 和publication year里填上相应的内容，这时候再看，是不是你要的那篇文献就出来了呢。检索的一些技巧:1)、物质结构、反应方程式的检索 Beilstein的CrossFire完全匹配检索较类似检索的优先等级高，按照优先等级依次进行检索，ISI的Web of Science可以自己选择采用完全匹配检索还是基础结构检索； 自己分析哪些部分是结构中次要的基团，自己进行替换。例如五元环用六元环代替，甲基用乙基代替等等； 使用原子或者基团的模糊表示方法：X表示卤素原子，A表示非氢的原子，Q表示非碳且非氢的原子，M表示金属原子，基团的模糊化实例讲解时再讲。2)、化合物名称检索：合成检索中最广泛使用的
